La première trace de la commune de Saint Germain-du-Bois remonte à 1155, sous la dénomination « Sanctus Germanus de Bosco ».
Il est fait référence à « Capella Sancti Germani » en 1184 ou encore à « Sanctus Germanus de Bosco in Brixia » en 1330. C’est à partir du XVIIIème siècle, sous l’influence de la famille de Scorailles, qui a hérité de la seigneurie de Saint Germain-du-Bois en 1670, que la commune prend de l’importance. Grâce à sa situation de carrefour géographique, le commerce s’y développe.
La population passe ainsi de 1 230 habitants en 1720 à 2 500 en 1820.
Nous devons aux Marquis de Scorailles les bâtiments emblématiques de notre commune, construits à la fin du XVIIIème siècle :
- l’Hostellerie Bressane, hôtel particulier accueillant la famille de Scorailles pendant ses parties de chasse, est devenu, à partir de 1815, auberge et relais de diligences ;
- la Maison Collinet, qui abrite la bibliothèque intercommunale, était la résidence de l’intendant des Marquis de Scorailles ;
- les halles, aujourd’hui transformées en commerces.
Sous la Révolution Française, la commune s’appelle simplement Belle Place, toute référence religieuse étant supprimée.
L’église, dans sa forme actuelle, date de 1844. Sur son autel, le pape Pie VII a célébré, en 1805, une messe lors de son retour du sacre de Napoléon Ier.
Autre élément incontournable du patrimoine san-germinois : la Ferme Bachelet. Cette maison, construite en 1720, a abrité une forge et une épicerie. Elle porte le nom de ses derniers propriétaires. La Municipalité en a fait l’acquisition en 1976. La Ferme Bachelet est aujourd’hui utilisée comme lieu de réunion pour les associations.
Enfin, Saint Germain-du-Bois abrite une curiosité archéologique : la motte castrale de Futigny, l’une des 150 que compte la Bresse Bourguignonne. Une motte castrale est une colline, naturelle ou artificielle, entourée d’un fossé. Au sommet de cet ouvrage de défense se trouvait une forteresse en bois, constituée d’un donjon et de remparts. Une motte cadastrale est ainsi considérée comme un château fort primitif. Celle de Saint Germain du Bois est une plate-forme ovale de 43 mètres sur 49 mètres, ceinte d’un fossé de 6 mètres de large. Elle a été découverte entre 1866 et 1875.